מתוך המכלול
מקורו של הפיוט נתון במחלוקת. הפיוט, בנוסח הקרוב לזה המופיע כיום בסידורים, נמצא כבר במשנה תורה לרמב"ם ובדילוגים של וכו' בסדר רב עמרם גאון (הקטע מ"מי ידמה לך" עד "ובקרב קדושים תתהלל" חסר לגמרי מסדר רב עמרם גאון). חלק מתפילת נשמת כל חי, הפותח במלים "ואילו פינו מלא שירה כים", תוקן בזמן המשנה[3], והשתמשו בו לברכת הגשמים[4]. חלקים אחרים של התפילה מוזכרים כבר בתלמוד במסכת פסחים קי"ח שם מצוינת דעת רבי יוחנן ש"ברכת השיר", שעל פי המשנה יש לאומרו בליל הסדר, הוא מ"נשמת כל חי" עד "לך לבדך אנחנו מודים", שהוא החלק הראשון של תפילת נשמת בנוסח של הסידורים בימינו. הדעות חלוקות האם רבי יוחנן התכוון לכל תפילת נשמת ורק ציין חלק ממנה, התכוון שרק את החלק הראשון של נשמת יש לומר בליל הסדר, אולם הכיר את כל תפילת נשמת, או שמא כלל לא הכיר את כל תפילת נשמת כיחידה אחת.
על פי הדעה האחרונה, תפילת נשמת השלמה הורכבה בתקופת הגאונים משלושה חלקים:
מ"נשמת כל חי" עד "לך לבדך אנחנו מודים" - שהיה לפי דעת רבי יוחנן "ברכת השיר" של ליל הסדר.
מ"אילו פינו מלא שירה כים" עד "כל קומה לך תשתחווה" או עד "ועני ואביון מגוזלו" שהיה חלק מתפילת ההודאה על הגשמים של רבי יוחנן בתלמוד[5].
מ"כל פה לך יודה" עד "עבדך משיחך" - תוספת של הגאונים
יש המייחסים את חיבור התפילה השלמה לשמעון כלשהו בהתאם לאות הראשונה של חמישה חלקים בתפילה, מהסוף להתחלה: שוכן עד, מי ידמה, עד הנה עזרונו, ואילו פינו, נשמת. בהתאם יש המייחסים את התפילה לתנא שמעון בן שטח. אחרים ייחסו את תפילת נשמת כל חי לפטרוס הנוצרי ששמו העברי היה שמעון, למשל בהתאם למסופר בספר תולדות ישו. בעל מחזור ויטרי שהביא דעה זו שלל אותה בחריפות מכל וכל.
המשפט "ומבלעדיך אין לנו מלך גואל ומושיע" בעייתי לשתי דעות אלו, שכן הוא נשמע כמכוון ישירות כנגד ישו הנוצרי. על פי הסברה ששמעון בן שטח כתב את התפילה, יש המשערים שהמשפט נוסף בתקופה מאוחרת יותר, לאחר הופעת הנצרות. המציינים שהתפילה נכתבה על ידי פטרוס אומרים שהוא הכניס את המשפט בכוונה לתוך התפילה כדי להראות שהוא קיבל את הנצרות רק מן השפה ולחוץ.
לפי האבודרהם, שם המחבר הוא "יצחק" בהתאם לראשי התיבות של ישרים, צדיקים, חסידים וקדושים, ושם אשתו הוא "רבקה", בהתאם לראשי התיבות תתרומם, תתברך, תתקדש, תתהלל.
סגולת הפיוט