אכן יש כמה יוצאים מן הכלל, להלן רשימה קצרה:
א) כשהבבלי מסתפק בדין מסויים, ובירושלמי פשיטא ליה, פוסקים כירושלמי (שדי חמד ח"ט כללי הפוסקים סימן ב' אות א').
ב) כאשר הדין בבבלי לא נאמר במפורש, אע"פ שמדויק ממנו להיפך מהירושלמי, פוסקים כירושלמי, ואפילו כשגם בירושלמי הדין לא מפורש אלא רק מדויק, אלא שהדיוק בירושלמי אלים טפי - פוסקים כירושלמי (שם).
ג) במקום שיש מחלוקת נוסחאות בגרסת הברייתא בין הירושלמי לבבלי, להפרי תואר סמכינן אירושלמי, לרשב"ץ ושד"ח סמכינן אבבלי, לפי שבירושלמי רבו השיבושים (יד מלאכי ח"ב כללי שני התלמודים אות ז', שד"ח שם), ועוד, שהבבלי הוא בתראה (שדי חמד שם).
ד) כשהירושלמי נותן טעם יפה לדבריו פוסקים כמותו (אוצה"ג פסחים חלק התשובות סימן ל"ט).
ה) כשהבבלי מביא מחלוקת ופוסק כדעה א', והירושלמי מביא מעשה כדעה האחרת, פוסקים כירושלמי (כנסת הגדולה, ב"י, רא"ש, בעל העיטור, כס"מ, יד מלאכי ח"ב כללי שני התלמודים אות ט').
ו) כשיש מחלוקת התלמודים במעשיות שאירעו בא"י - דעת הירושלמי עיקר, משום ששם היו בקיאין יותר במעשים שאירעו אצלם (מהר"ץ חיות בגיטין דף ז').