איני יודע הסיבה, אבל תעיין במ"ב סי' קנ"ו סק"ד שמנה מצוות רבות שלא נמנו בשו"ע לדוגמא מצוות תוכחה, שלא להחזיק במחלוקת נקימה ונטירה ועוד,
אני משער שהשו"ע לא מנה מצוות שענינם מדות שבין אדם לחבירו, ואולי סמך בזה על ספרי המוסר הקדמונים שעסקו בזה דוגמת שע"ת ואורחות צדיקים, וכן בספרי מוני המצוות הרמב"ם החינוך והסמ"ג.